En Jeremy, l'Aelita, l'Ulrich, la Yumi i l'Odd no saben que, portant l'Eva Skinner a la fábrica del superordinador, han revelat al seu pitjor enemic on és l'accés a Lyoko. I el pitjor és que també ho ha descobert en Grigory Nictapolus, l'agent del grup terrorista Green Phoenix, que els estava espiant. D'aquesta manera, quan en Jeremy uneix el món de Lyoko i el de la Primera Ciutat, XANA torna a adquirir la seva antiga poténcia i decideix aliar-se amb el Green Phoenix, activant l'arma que el món virtual custodia...
